1956年9月18日，九三学社山东农学院筹备委员会在济南成立，共有成员10余人。杨德斋为筹委会主任委员，贾玉钧为筹委会副主任委员，袁义田、王清和、方国玺为筹委会委员，吴建为筹委会秘书。

1960年学社换届。杨德斋为支社主委，贾玉钧为支社副主委，袁义田和陶履祥为支社委员，吴建为支社秘书。

1979年支社恢复活动。王清和为支社主委，吴建为支社副主委，陶履祥和方国玺为支社委员，李永昌为支社秘书。1985年换届。吴建为支社主委，张忠义、孙怀锦、许慕农和李林为支社委员，冯永军为支社秘书。1992年换届。因成员增多，成立九三学社工作委员会，下设三个支社。吴建为工委主委，张忠义和赵锡武为工委副主委，孙怀锦、李林、许慕农和庞大衡为工委委员。1997年换届，成员75人。李永昌为工委主委，冯永军和魏钦平为工委副主委，聂俊华、张培正、田纪春和李林为工委委员。

1999年12月，三校合并后，农大、水专九三学社于2000年11月合并，增补马树升为工委委员，下设四个支社，成员100人。2002年6月工委进行换届，工委成员11人。孟庆伟为工委主委，冯永军、马树升和周衍平为工委副主委，田纪春、聂俊华、张培正、刘思当、杨建平、侯长起和丁筱玲为工委委员，成员102人。2006年10月工委换届，工委成员11人。孟庆伟为工委主委，冯永军、马树升、刘思当为工委副主委，周衍平、杨建平、丁筱玲、聂俊华、杨光爱、张元湖和诸葛玉平为工委委员，成员104人。

2016年10月基层委员会换届，委员会委员9人。园艺学院郝玉金为基层委员会主委，动科院刘思当、园艺学院彭福田、经管学院葛颜祥为基层委员会副主委，机电学院丁筱玲、资环学院李新举、生科学院张元湖、水土学院张建刚、体艺学院魏冰为基层委员会委员，时有成员97人，其中在职社员60人，离退休社员37人。

2021年8月基层委员会换届，委员会委员9人。彭福田当选山东农业大学基层委员会主委，封德顺、成子强、陈蕾当选为副主委，娄燕宏当选委员兼秘书长，丁立群、刘雪美、段巧红、唐晓珍当选委员。现有成员99人，其中在职社员59人，离退休社员40人。